第一季动画《薄樱鬼 第一季》讲到土方带领新选组转移到江户, 因为时代变更,战斗的武器由传统的武士刀变为了枪。在历史的推动下,新选组的各位也有所变化。第二季最大的看点无疑是各个人物都“改头换面”,穿上洋装,剪短头发。动画走的是土方线是最为艰辛,最为伤感的一条线路,因为土方作为德川幕府和武士道精神直至最后一刻的末代武士的代表人物,不论漫画还是史实上土方都是见证了新撰组由盛到衰的全部,其中包括了近藤勇的斩首,冲田总司的病死,还有其他战友的战死,可以说制作方选择土方线进行制作是花了不少心思的
夏季庆典结束后,打烊了的学生们有一个E班的学生来到他们身边。第二天,在开班仪式上的讲台上竹林突然做出了与E组一起度过的4个多月如同地狱的样子。在知道竹林超过E组加入A组的E组学生试图说服他……。