之后

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　一位蛰伏于世的心理师暗夜，有着超于常人的洞察力以及一双能看透人心的眼睛。总是默默的在无知无觉中拯救那些因为伤痕累累而逐渐腐蚀的内心。原本平静的生活迎来了危机。那些曾被暗夜救治的潜在自杀者陆续选择结束生命。警察草率结案，暗夜心生疑虑。看似巧合的自杀实际是隐没在黑暗中的敌手对暗夜发出的战书。暗夜必须在下一个自杀者自杀前找到并治愈他。当命悬一线的暗夜终于挖出敌手，令他无法相信的是施害者竟同时也是受害者，而这是他两年前的一个莫大失误。他孤注一掷救治却也因此暴露了自己，更大的黑暗力量正在向他逼近。

　　明朝中叶，倭寇不断骚扰东南沿海，东瀛柳生一族辅佐德川家康之余亦要席卷中原武林。于是“东瀛霸刀”柳生（任达华饰）杀入武林、所向披靡，亦要向中原武林第一高手“天剑”独孤无极（刘松仁饰）挑战。独孤无极正要与新婚妻子梦青丝（杨紫琼饰）成亲，却不得不为此事拖延。他向“鬼医”（吴孟达饰）求助，遂用剧毒将自己功力提高数倍。比武之日，独孤无极力战柳生，将其赶走，自己却被体内毒气错乱神经，以致糊涂杀死山庄里无数友人，并气走青丝。青丝自此男装打扮，化名独孤贞，杀尽天下负心人。
　　鬼医弟子吴通（张卫健饰）为了逃避年纪比他大许多的未婚妻牛娃（郑裕玲饰），成婚当日逃走，巧遇微服出游的天香公主（张曼玉饰）和贴身侍卫（吴君如饰），三人发生争执，此时独孤贞出现解围。而此时镇上却在传言梦青丝在妓院摆出迷魂阵召贤比武的香艳传闻，惊讶的独孤贞于是与吴通一起前去探个究竟......