故事发生在白垩纪营地事件的六年后，“努布拉六人组”的成员们正努力在岛上找到自己的立足点，在一个充满恐龙和想要伤害它们的人的世界里航行。在一场悲剧之后重聚，这群人走到一起，却发现自己在逃跑，并陷入了一场全球冒险，以解开一个威胁到他们的世界的阴谋。
在本季《超级飞侠》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
