自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
和我们一起，继续成长的物语。 阿良良木历的物语结束了。 以地狱般的春假为开端， 历经各种因缘际会， 阿良良木历高中生活最后的一年结束了 ——原本是这么想的。 但就在毕业典礼结束的第二天早晨，发生了意想不到的事态。 历，迷失到了镜中的世界。 这是，既非高中生也非大学生， 处在这种时期的阿良良木历所体验的， 终结之继续的物语。 高中毕业典礼的第二天早晨。 准备洗脸而面向洗脸台镜子的历， 陷入了被映在那里的自己盯着看的感觉。 他不由得用手触碰镜子， 于是手指尖就这样陷了进去……。 回过神来，历已经身处一切都反转过来的世界中。
