身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
不断增长的人口和不断恶化的环境让人类不得不开始考虑起了他们的未来，就这样，“火星地球化”的计划被提上了日程，人们通过向火星地表投放藻类和蟑螂使其颜色变深，如此一来便可吸收阳光提高气温。之后，BUGS1号搭载着六名宇航员，踏上了前往火星的旅程，目的在于生物样本的采集和运送。 令六人以及全人类没有想到的是，火星上特殊的气候令生活在其中的蟑螂发生了变异，它们不仅异化拥有了人类的体魄，还产生了极强的攻击性和战斗能力，几乎是在瞬间，六人全军覆没。幸运的是，一只蟑螂的头部样本被传送回了地球，科学家们研究后决定称其为“火星异种”。出乎所有人意料的是，这种可怕的生物在未来，竟然成为了拯救人类的唯一希望。
TVシリーズの続編となるOVAシリーズ4年生編。全3巻発売。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
